Zajmuje się głównie epistemologią, filozofią nauki, metodologią nauk empirycznych oraz studiami nad nauką i techniką.

Kp. Problem interpretacji w metodologii nauk empirycznych / Marek Sikora. - Poznań, 1997.

Pytanie o jedność nauki / Marek Sikora. - Bydgoszcz, cop. 2016. (prof. Politechniki Wrocławskiej)

Filozofia nauki w kontekście laboratoryjnego stylu badań naukowych Roberta Boyle'a [...] / Marek Sikora // Filozofia Nauki. - 28 (1)/2020, strony 111-124.